تضعیف علایم ناشی از ویروس کوتولگی بادام زمینی مرتبط با جهش غیرمعمول در ژنوم ویروس

ویروس های گیاهی، بویژه آنهایی که در طبیعت با ناقل منتقل می شوند، در گلخانه ممکن است متفاوت از محیط بیرون عمل کنند. آزمون­ های زیستی به عنوان قدیمی ترین روش­ های ردیابی ویروس که هنوز هم مورد استفاده قرار می­ گیرند شامل مایه زنی گیاه میزبان و بررسی بروز علایم در گلخانه یا آزمایشگاه می­ باشد. به هنگام نگهداری ویروس کوتولگی بادام زمینی در گلخانه با علایم تضعیف شدۀ نژاد ب پس از هشت بار پاساژ در گیاه نیکوتیانا بنتامیانا مواجه شدیم. برای تعیین اینکه آیا تغییراتی در ژنوم جدایۀ ب بوجود آمده است ذرات ویروس از گیاه آلوده تخلیص و مورد استخراج آر ان ای از ذرات ویروس با استفاده از تیمار با فنول/ کلروفرم قرار داده شدند تا پروتئین پوششی ویروس حذف شود و به ­دنبال آن ترسیب با اتانول انجام گرفت تا آر ان ای ویروس مورد تخلیص قرار گیرد. آنگاه الکتروفورز آر ان ای های ویروسی روی ژل آگاروز نشان داد که قطعۀ آر ان ای 3 (RNA3) جدایۀ نزاد PSV-B بزرگتر از قطعۀ مشابه در جدایۀ رفرانس این نژاد می­باشد که حکایت از بوجود آمدن نوکلئوتیدهای مضاعف درج شده در قطعه مورد نظر را داشت. برای تأیید این مشاهدات، cDNA منطبق بر RNA3 از طریق RT-PCR با آغازگرهای انتهای 5 و 3 پریم ساخته شد که بر اساس ترادف­ های انتهایی RNA3 (رس شمار PSU31366)  طراحی شده بودند. قطعۀ حاصل از  RT-PCR مورد ترادف یابی با روش "ترادف یابی چرخه ­ای دی داکسی" قرار داده ­شد و داده­ های حاصله مورد مقایسه با ترادف­ های PSV RNA3 قرارگرفتند. این بررسی آشکار نمود که تکراری به اندازۀ 183 نوکلئوتید در انتهای 3 پریم ترجمه نشوندۀ RNA3 بوجود آمده­ است که حاکی از رابطۀ بین این جهش (تکرار) و تضعیف علایم بود. نتایج این تحقیق تأکید بر این دارد که در مطالعات گلخانه­ ای، پاساژهای پی در پی ویروس منجر به بروز جهش یافته ­های ویروسی می­ شود. این مشاهدات همچنین در رابطه با حفاظت گیاه نیز دارای پیآمد می ­باشد برای اینکه واریانت های جهش یافته و تضعیف شدۀ ویروس را می توان به عنوان نژاد ملایم در حفاظت گیاه به کار برد.