ردیابی و بررسی جایگاه تبارزایی ویروس پنهان زعفران Saffron latent virus در مزارع زعفران استان‌های خراسان جنوبی و رضوی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند.

2 بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان رضوی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، مشهد، ایران.

چکیده

ویروس پنهان زعفران (Saffron Latent Virus, SaLV)، یک گونه جدید از جنس Potyvirus است که به تازگی در ایران شناسایی شده است. علی‌رغم اینکه بسیاری از علایم این ویروس مخفی می‌باشد، اما خسارت آن در مزارع زعفران قابل ملاحظه است. علیرغم شناسایی این ویروس، تاکنون بررسی تبارزایی جدایه ­های آن بر مبنای پروتئین پوششی صورت نگرفته است. برای بررسی این ویروس تعداد 152 نمونه از برگ، گل  و بنه زعفران‌های بدون علایم و دارای علایم کوتولگی، زردی و پیچیدگی از مزارع استان‌های خراسان جنوبی و رضوی، جمع‌آوری گردید. پس از استخراج RNA ، با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلی­مراز معکوس (RT-PCR) و آغازگرهای اختصاصی مربوط به پروتئین پوششی، حضور SaLV مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد تعداد 92 نمونه از 152 نمونه (معادل 60%) آلوده به ویروس بودند. در نهایت هفت نمونه به عنوان نمونه­ هایی که برمبنای شهرستان محل نمونه­ برداری از 92 نمونه تکثیر شده در آزمون زنجیره­ای پلی­مراز، انتخاب شده بودند مورد توالی­ یابی قرار گرفتند. بررسی­ های تبارزایی، بر پایه پروتئین پوششی و با نرم افزار MEGAX، نشان داد که جدایه ­های این ویروس دو گروه مجزا تشکیل دادند، که جدایه‌های مورد مطالعه در این تحقیق در گروه دوم قرار گرفتند. از آنجائیکه جدایه‌های مربوط به یک منطقه و یک محصول در گروه های مختلف پخش شده، بنابراین منطقه جغرافیایی جداسازی و نوع میزبان در تبارزایی ویروس تاثیر گذار نمی ­باشد. تحقیق حاضر برای اولین بار به ردیابی ویروس از روی گل و بنه زعفران و نیز بررسی تبارزایی جدایه­ های این ویروس جدید بر مبنای پروتئین پوششی در ایران می ­پردازد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Detection and phylogenetic analysis of saffron latent virus in saffron fields of South Khorasan and Razavi provinces

نویسندگان [English]

  • Akram Tavakoli bardaskan 1
  • SeyyedeAtefeh Hosseini 1
  • Sara Gharouni Kardani 2
1 1Department of herbal medicine, School of Agriculture, Birjand University.
2 Plant Protection Research Department, Khorasan Razavi Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, AREEO, Mashhad, Iran
چکیده [English]

The Saffron Latent Virus (SaLV) is new species in the Potyvirus genus, which has been recently characterized from Iran. Even though most of the symptoms on infected plants remain hidden, it causes considerable damage to saffron fields. There is no data available on the phylogenetic relationship among different strains of this virus based on its coat protein, despite its high incidence and economic significance. To address this, we collected 152 samples of saffron leaves, flowers, and corms from fields in South Khorasan and Razavi Khorasan provinces, both with and without symptoms like stunting, yellowing, and twisting. After extracting RNA, the presence of SaLV was examined using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) with specific primers targeting the coat protein. The findings revealed that 92 out of 152 samples (60%) were infected with the virus. Subsequently, seven representative samples, each from a selected region were sequenced. Phylogenetic analysis using MEGAX software showed that the virus strains formed two distinct groups, and the strains studied were placed in the second group. Interestingly, strains from the same geographical region and product were distributed among different groups, suggesting that geographical separation and host type did not significantly impact the viral diversity. This study is the first in detecting of SaLV in saffron flowers and corms and pinpointing the diversity of its new strains based on the coat protein in Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Specific primer
  • Coat protein
  • Phylogenetic analysis
  • Sequencing