دانشگاه تبریز پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی 2383-1855 7 2 2018 08 23 Detection and Molecular Characterization of Apple Dimple Fruit Viroid in Apple Trees in Maragheh Area ردیابی و تعیین خصوصیات ملکولی ویروئید فرورفتگی میوه سیب(Apple Dimple Viroid) در منطقه مراغه 107 119 7879 FA وحید رومی استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه مراغه. Journal Article 2018 09 29 <strong>Abstract</strong> <br />During years 2016-2017 surveys in apple orchards of Maragheh region, 73 samples of Gala and Red delicious cultivars with symptoms resembling to those caused by <em>Apple dimple fruit viroid</em> (ADFVd) were collected and subjected to two-step RT-PCR. Total RNA from stem bark and leaves of symptomatic plants showing dimple fruit and irregular yellow spots on fruit was extracted and full-length 306-307 base pairs genome of the isolates were amplified by using specific primer pairs. Ten amplicons with expected size were directly sequenced on both strands. Blast analysis and multiple sequence alignment of the sequences with those full-length ADFVd sequences deposited in GenBank, showed identities ranging from 74.4-100%. Iranian ADFVd isolates had the highest and lowest identity with two Italian isolates, accession Nos. EF088662 and KF788291, respectively. The region between CCR and TR domains was the most divergent. In phylogenetic analysis by maximum likelihood method, all Iranian isolates were clustered together with the Italian isolates and variants. <br />  <strong>چکیده</strong><br /> در تابستان سال­های 1395 و 1396 تعداد 73 نمونه با علائم مشابه با ویروئید فرورفتگی میوه سیب از ارقام گالا و رد دلیشیز منطقه­ی مراغه جمع­آوری شد. RNA کل از پوست ساقه و برگ نمونه­های جمع­آوری شده حاوی علایم لکه­های فرورفته و خال­های زرد با حاشیه نامنظم روی پوست میوه، استخراج گردید و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژنوم کامل ویروئید به طول 307-306 جفت باز با آزمون RT-PCR تکثیر و ترادف 10 نمونه تعیین گردید. جستجوی ترادف ها با BLASTn و هم­ردیف­سازی آنها با ترادف­های مربوطه در بانک ژن نشان داد که جدایه­های مورد مطالعه دارای بیشترین و کمترین یکسانی ترادف به میزان 100 و 4/74 درصد بترتیب با رس شمارهای EF088662 (ایتالیا) و KF788291 (ایتالیا) می­باشند. بیشترین تفاوت نوکلئوتیدی در بین نواحی  CCRو TR قرار داشتند. آنالیز فیلوژنتیک با روش حداکثر احتمال نشان داد که جدایه های ایرانی به همراه جدایه­ها و واریانت­های گزارش شده از ایتالیا در یک گروه قرار می گیرند.<br />  <br />   https://arpp.tabrizu.ac.ir/article_7879_c0ce8e87034c3094e6b17ca9be9c29db.pdf