دانشگاه تبریز پژوهش های کاربردی در گیاهپزشکی 2383-1855 7 2 2018 08 23 Molecular Detection and Phylogenetic Determinant of Strawberry crinkle virus in Strawberry Fields of Kurdistan Province Based on the Partial Polymerase- Gene Sequences شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز 95 105 7878 FA محمد حاجی زاده استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج Journal Article 2018 09 29 <strong>Abstract</strong> <br />Leaf crinkle symptoms in some strawberry plants were observed in field, and therefore 55 leaf samples (symptomatic and asymptomatic) were collected from Kurdistan province and tested for infection with <em>Strawberry crinkle virus</em> (SCV) by RT-PCR. Total RNA was extracted by silica-capture method and subjected to cDNA synthesize with random hexamer primers. RT-PCR was done by specific SCV-primers and PCR products were observed on 1.2% agarose gels. RT-PCR results were showed that 51.9% of the samples were infected by SCV. Based on the geographical origin, cultivar and symptom, seven isolates were selected, sequenced and analyzed for molecular characterization and phylogenetic studies on SCV L-gene. Phylogenetic analysis showed that all the seven isolates from Kurdistan were placed in a distinct subgroup, phylogenetic group II. The average genetic distance between the isolates from Iran was 0.031 ± 0.005 but between these isolates and the other isolates, available in GenBank, was 0.069 ± 0.014. Pairwise comparisons of the sequences showed that isolate SAr6 had the highest nucleotide similarity (95.1%) to isolate 4MM of Argentina whereas isolate SS26 had the lowest nucleotide identity with isolate HB-A1 of Netherlands. This is the first report on occurrence of SCV on strawberry in Kurdistan province and also the first report of molecular detection of SCV in Iran.    <br />  <strong>چکیده</strong><br /> علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوته­های توت­فرنگی در مزارع توت­فرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونه­ها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونه­ها به ویروس چروکیدگی توت­فرنگی (<em>Strawberry crinkle virus</em>, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد 55 نمونه­ی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان 1396 از مناطق مختلف استان کردستان جمع­آوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آن­ها با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش­تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه­ای به طول 345 جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که 9/50 درصد از نمونه­ها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقه­ی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایه­های SCV توالی­یابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصله­ی ژنتیکی در بین جدایه­های توالی­یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 005/0 ± 031/0 و با سایر جدایه­های موجود در ژن بانک 014/0 ± 069/0 بود. مقایسه­ی دوبه دوی توالی­های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr6 با جدایه 4MM از آرژانتین (1/95 درصد) و جدایه S26 با جدایه HB-A1 از هلند (5/86 درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت­فرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران می­باشد.<br />  <br /> <br /> <strong> </strong> https://arpp.tabrizu.ac.ir/article_7878_c5955192067708c0661ccdb2f4c6d6aa.pdf