شناسایی مولکولی و تجزیه¬تحلیل تبارزایی ویروس موزاییک خیار زیرگروه IB جداشده از گیاه دارویی ختمی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دوره دکتری بیماریشناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشگاه تبریز

2 دانشیار، گروه گیاهپزشکی، دانشگاه تبریز

3 استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشگاه آزاداسلامی واحدتبریز

چکیده

ویروس موزاییک خیار Cucumber mosaic virus (CMV) ، از جنس Cucumovirus و خانواده Bromoviridae می­باشد. خَتمی (Althaea officinalis) گیاهی یک­ساله و خودرو از تیره پنیرکیان است که گل، میوه و ریشه آن مصارف دارویی دارد. در این تحقیق، پنج نمونه مشکوک به آلودگی با CMV از گیاه ختمی جمع­آوری و وجود CMV با آزمون­های سرولوژیکی از جمله DAS-ELISA ، از نمونه­ها ردیابی شد. از بین آن­ها، جدایه Ta-alth انتخاب و پس از استخراج RNA کل از گیاه آلوده به آن، با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ناحیه ژن پروتئین پوششی، RT-PCR انجام و قطعه 675 جفت بازی تکثیر شد. قطعه تکثیر شده درون پلاسمید  pTZ57R/T همسانه­سازی و سپس تبدیل سلول­های مستعد Escherichia coli  سویه DH5α انجام گردید. جهت حصول اطمینان از قرارگرفتن قطعه موردنظر درون حامل، تجزیه­تحلیل پلاسمید نوترکیب خالص­سازی­شده با استفاده از آنزیم­های برشی انجام و توالی قطعه تکثیری تعیین گردید. توالی به­دست­آمده با استفاده از برنامه GeneDoc با توالی­های متناظر سایر جدایه­های CMV از ایران و نقاط دیگر دنیا (موجود در بانک ژن) مقایسه و درخت تبارزایی با استفاده از روش Neighbor-Joining(NJ) و برنامه TREECON رسم گردید. تجزیه­تحلیل ترادف ژن پروتئین پوششی جدایهTa-alth  نشان داد که این جدایه متعلق به زیرگروه IB ویروس موزاییک خیار می­باشد. این اولین گزارش از آلودگی ختمی به CMV در ایران است.

عنوان مقاله [English]

Molecular Identification and Phylogenetic Analysis of Cucumber Mosaic Virus IB Subgroup from Althaea officinalis

نویسندگان [English]

  • Davood Koolivand 1
  • Nemat Sokhandan Bashir 2
  • Sevil Nematolahi 3
1 PhD Student of Plant Pathology, Dept of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran
2 Associate Professor, Dept of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran
3 Assistant Professor, Dept of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Azad Islamic University of Tabriz, Tabriz Branch, Tabriz, Iran
چکیده [English]

Cucumber mosaic virus (CMV) belongs to the genus Cucumovirus in the family Bromoviridae. Althaea officinalis, commonly known as hollyhocks in the family Malvaceae, is an annual plant whose fruit, flower and root are used as medicinal products. In this study, five samples of hollyhocks leaves with viral symptoms were collected and CMV was detected using DAS-ELISA from the samples. Ta-alth isolate was selected and total RNA extracted. The PCR reaction was performed using CMV-CPF and CMV-CPR primer pair corresponding to the CP region of CMV and as a result, a 675 bp band was amplified. The amplified fragment  inserted into pTZ57R/T and transformed into competent cells of E. coli strain DH5α. Extracted recombinant plasmid was analyzed by restriction analysis then sequencing. The GeneDoc was used to compare the generated CP sequence with the counterpart segment of previously reported CMV isolates from Iran and other parts of the world available in GenBank. A phylogenetic tree was generated with Neighbor-Joining (NJ) method in TREECON program which showed that the Ta-alth isolate belonged to subgroup IB of CMV. This is the first report of CMV from Althaea officinalis in Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Cloning
  • Phylogeny
  • Althaea officinalis
  • Cucumber mosaic virus